Im Jahr 1861 erreichte die Eisenbahn aus Richtung Bromberg(-Berlin) die Stadt Thorn. Die Eröffnung der Strecke zum damals russischen Grenzbahnhof Alexamdrowo, auf deutscher Seite war dies der Bahnhof Otlotschin, erfolgte 1862. Der Hauptbahnhof Thorn sowie die beiden genannten Strecken befinden sich auf dem linken Ufer der Weichsel.

Der Stadtbahnhof liegt auf der rechten Seite der Weichsel. Beide Bahnhöfe sind durch die Thorner Weichselbrücke verbunden. Der Bau der Brücke begann 1868 und wurde 1872 beendet. Die Brücke wurde am 1. September 1939 durch sich zurückziehende polnische Truppen gesprengt. Durch einen raschen Wiederaufbau konnte die Brücke schon im März 1940 wieder genutzt werden. 1945 sprengten dann zurückziehenden deutschen Truppen die Brücke erneut. Die heute im polnischen Torun liegende Brücke wurde nach dem Krieg wieder aufgebaut. Seit 1999 trägt sie den Namen Ernest Malinowski Brücke, benannt nach einem polnischen Ingenieur, der eine Bahnlinie in den Anden baute.

Die Brücke hat eine Länge von 996,78 Metern, gegründet auf 18 Pfeilern. Von den 17 Öffnungen überbrücken fünf die Weichsel. Die lichte Weite der Öffnungen mißt 94,16 Meter. Siegfried Bufe beschreibt den Oberbau der Brücke des Weiteren wie folgt:

"Der schmiedeeiserne Oberbau im Hauptstrom besteht aus fünf Paaren paralleler, elliptischer Bogen, welche durch Querträger miteinander verbunden und oberhalb gegeneinander abgesteift sind. Die Endpunkte ruhen auf den Pfeilern in beweglichen Pfannen. Die Breite der Brücke zwischen den Bogen ist 12 m, hieran reiht sich an jeder Seite au ßerhalb ein Fußsteig von 1,88 m Breite. Innerhalb läuft ein Gleis und eine Fahrbahn, welche von ersterem durch ein Gitter getrennt ist. Der eiserne Oberbau der zwölf Öffnungen im Nebenarm des Flusses und auf dem Lande besteht in Gitterwerk ohne Verbindung. An der Seite der Fahrbahn läuft die Telegraphenleitung und auch die Gasleitung von der städtischen Gasanstalt nach dem Bahnhof."